1) Базу данных, содержащую инфу по синхронизируемому контенту
2) Лог
Для флешки это плохо по двум причинам.
Во-первых, он постоянно туда пишет, флешка изнашивается
Во-вторых, после двух суток перекачки лог у меня дорос до 700 мегабайт, а база - до 300. Итого гигабайт. Так вскоре и не влезет. Кроме того, на таких объёмах флешка - очень медленный носитель, так что переносим BitTorrent Sync на жёсткий диск.
Сделать это просто, сам сделаю и опишу через неделю, сейчас улетаю.