В английской Википедии на страничке по RSYNC есть табличка "Solutions using Rsync" из которой вы можете попытаться выбрать клиент на свой вкус и платформу. Я посмотрел несколько в поисках варианта под Windows, с графическим интерфейсом (гуем в просторечии) и бесплатного. Мне приглянулся QtdSync. Сразу отмечу - его интерфейс реализован на английском, немецком и французском. Русского на сегодня нет. Пакет включает и сервер и клиент, мы будем настраивать и использовать клиент.
1. Качаем, устанавливаем и запускаем. Жмём Create new backup set (создать новый набор бекапа)

2. Прежде всего жмём кнопку Settings

Меняем отмеченное красным - включаем показ экспертных установок и выключаем опцию привязывания файлов-папок. Что такое последнее я толком не разобрался. Похоже сделано на тот случай, если из-за подключения устройств к Windows машине у вас меняются буквы, присвоенные дискам. Если это ваш случай - включите. Жмем кнопку ОК (зеленую круглую с галочкой, внизу справа. А красную с крестиком я буду называть Cancel.)
3. Диалог меняется, внизу появляется строка параметров, которую гуй передаёт rsync

отсюда надо ОБЯЗАТЕЛЬНО удалить --delete

если этого не сделать, то происходит удаление с сервера того, чего нет на клиенте. А нам такое не надо.
Следите при создании новых наборов бекапа и стирайте ключ --delete. Замечу, что если мы (как рекомендовалось в первой части) создали датасет и включили на нём автоматические снапшоты, то вреда от стирания не так много. Пока жив соответствующий снапшот, удалённое можно легко восстановить.
UPD Курение man rsync показало, что ключи --ignore-errors и --force действуют только вместе с ключём --delete. Без него - смысла в них нет. От греха, стираем эти ключи тоже. Вообще, не очень понятно, зачем автор программы столь деструктивные ключи поставил по умолчанию...
4 Теперь задаём нашему сету имя - там, где по умолчанию написано New backup set. Советую выбирать осмысленные имена из латинских букв и цифр.
5 Жмём справа сбоку зелёную кнопку с +. В открывшемся мини-диалоге выбираем Folder, т.е. Папку. Открывается стандартный диалог выбора папки. Выбираем ту, которую хотим архивировать. Если после этого всё же выскочит диалог с заголовком Bind folder

Я выбираю отмеченное красным - никуда не привязывать, больше не спрашивать. Опция сделана для сменных носителей и, шире, компьютеров, на которых по каким-то причинам диски могут менять буквы, им присвоенные. Если это ваш случай - поэкспериментируйте и выберите подходящий вариант.
Операцию выбора папки надо повторить для всех папок, которые в составе этого набора вы собираетесь архивировать. По одной :(
ПРИМ. В качестве папки можно выбрать и диск. Но тут есть особенность. На дисках есть скрытые папки. Их обычно архивировать не стоит. Чтобы не архивировать, следует открыть содержимое диска, нажав на плюсик и снять галочки против системных папок

Для примера - галочки сняты для системных папок.
Конечно, точно также вы можете убирать из набора архивирования подпапки.
Когда закончите, убедитесь, что ключ --delete не вылез, если вылез - убейте его.
В последствии вы можете отредактировать набор, добавить или удалить папки и т.п. Для этого предназначены кнопки справа, желтая и красная. Потренируйтесь.
Под ними кнопка в виде зелёной коробки, она предназначена для восстановления папки из бекапа.
6 Это мы выбрали что архивировать. Осталось - куда. Жмём вкладку Destination

Справа от пустой строки Destination - желтая кнопка, жмём её, выбираем желтый remote rsyc path
В открывшемся диалге (как на картинке) вбиваем IP вашего NAS и, если применяются - логин и пароль. Я обхожусь без них, так что оставил эти поля пустыми.
Зелёная кнопка ОК

Сервер опознан.
7 Ну и жмём справа внизу зелёную Save & Quit.
Нам предлагают сохранить набор в папку программы.
UPD от 17 сент 2014
Главный диалог программы изменился, привожу свой, у меня создано в процессе экспериментов два набора бекапа.

Видно, что добавлять можно и локальные и сетевые диски, хоть с того же самого NAS.
UPD Но можно - не значит нужно. Для локальной передачи внутри NAS есть специальный режим Services|Rsync|Local.
8. Теперь стоит задать работу по расписанию. Выбираем один из наборов и жмём желтую Edit selected Backup set
Вверху в меню жмём иконку Schedule (расписание) в виде черного циферблата.

У меня, к примеру, задано делать начиная с 25 января каждый день в 21-00
Плюс к этому при старте компьютера, если бекап старше одного дня.
При сбое пытаться повторить, но не ранее, чем через 10 мин.
И работать тихо, без выдачи лишних сообщений.
Зелёная кнопка OK
В первый раз появится диалог, говорящий, что в реестр будет записана команда для работы по расписанию. Надо согласиться. В системном трее (справа внизу экрана) появится иконка -чёрный циферблат

Вроде всё в порядке.
9. Осталось выполнить первый бекап. В первый раз это займет несколько минут. Или десятков минут - в зависимости от объёма.
Для ручного старта надо в диалоге из п 7 отметить желаемые наборы и нажать зелёную Run Checked backup sets. Пойдёт процесс.
Эпилог. Я надеюсь, что вы сначала пробежали глазами эту инструкцию, а потом уже стали жать кнопки. Может и зря надеюсь ;)
Если не зря - совет потренироваться сначала на кошках. Создайте маленькую папку, положите в неё несколько файлов. Сконфигурируйте всё. Назавтра отредактируйте один из файлов в этой папке, другой переименуйте, третий удалите, четвёртый добавьте. И, не запуская вручную бекап, оставьте на послезавтра.
Послезавтра, после того, как пройдет бекап по расписанию, папка на сервере должна содержать все внесённые изменения. Если это так - бинго, можно настраивать для реальных папок. Если нет - ищите где проблема. На кошках это проще и не так напряжно, как на потерянных семейных фото архивах.
PS Замеченные глюки.
a) По странному приколу, если добавить папку, в имени которой есть пробел - на сервере имеем папку с подчёркиванием вместо пробела. Например Дружные спицы стали Дружные_спицы. Эффект проявляется, только если эту папку добавляли в набор. Если так называется подпапка - глюка нет.
б) Если где-то на NAS возникает ошибка и в сообщениях что-то говорится о permissions - проблема с правами доступа.
Простое решение - дать команду
chmod -R 777 <имя папки бекапа>
Имя папки бекапа можно посмотреть через вебгуй, Advanced|File Manager, зайдя в эту папку

я подчеркнул корявой красной линией - в моём случае: /mnt/Pool/Backup/RSYNC
На худой конец -
chmod -R 777 /mnt
Чтобы дать команду - зайти в командную строку (описано здесь, пункты 1 и 2) или через вебгуй Advanced|Execute command
Или через ftp клиент, напрмер Filezilla - заходим на NAS, выбираем нужную папку правой кнопкой мыши, выбираем из меню File Permissions, ставим 777 и рекурсивно

На сегодня - всё.
Мануал на QtdSync
UPD Совет от камрада Zlong Чтобы QtdSync бэкапил только вложенные каталоги (без каталога верхнего уровня) в расширенных опциях необходимо добавить -O /UPD
← Ctrl ← Alt
Ctrl → Alt →
← Ctrl ← Alt
Ctrl → Alt →