В каких случаях?
1. Если разработчики изменили разбивку системной флешки.
Последний по времени раз это было в сборке 9.3.0.2.1310. Апгрейд с любой более ранней требует чистой установки
2. Если у вас подозрения на аппаратные проблемы флешки или вы хотите её заменить по другим причинам.
3. Если NAS не стартует. И другой комп с этой флешки не стартует. То есть системный накопитель повреждён.
4. Вы хотите сделать запасную флешку, идентичную основной на случай (3). Например, если NAS стоит от вас далеко и обслуживающий его человек способен лишь на элементарные действия - выключить NAS, заменить флешку, включить NAS. Для этого случая очень советую купить две флешки одинаковой модели. А то BIOS может заартачиться и не стартовать с заменной флешки.
Процедура апгрейда проста.
1. Берём новую флешку и делаем на неё чистую установку.
1а. Для arm платформы
2. Стартуем NAS с новой флешки, подключаемся браузером по IP 192.168.1.250 и подгружаем заранее сохранённый конфиг.
3. Смотрим после ребута в Disks|Management|HDD Management. Если дисков нет или что-то красным - жмём кнопку Clear Config and Import Disks. Затем настраиваем каждому диску (гаечный ключ в строке с именем диска) AAM, APM по вкусу и видимость SMART
4. Смотрим в Disks|ZFS|Pools|Management. Если zfs пулы не на месте, а на дисках они есть - идём в
Disks|ZFS|Configuration
затем в
Disks|ZFS|Configuration|Synchronize
жмём кнопку Synchronize
Убеждаемся, что zfs пулы на месте и сохраняем конфиг
PS Удивительно, но путём такого апгрейда запросто можно поднимать версию базовой оси, например с FreeBSD 9.1 до 10.2 Это примерно как если бы у вас была Windows Vista, а вам нужен апгрейд Win10. И вы бы закатали на диск образ десятки, запустили, скормили бы ей единственный текстовый конфиг от Висты - и имели бы рабочую машину.
PPS Это всё - для коробочной версии, без обвесов и рюшечек (chroot, jails, extensions...) C ними может быть сложнее. Но тоже возможно - см оглавление.