Но неприятно.
UPD от 5 сент 2016. Камрады в комментах описали причину проблемы
neuda4nik: "Было так постоянно, пока не стал перед обновлением отключать надстройки extended gui и rdgraph.После обновления снова их включаю и конфиги не теряются."
Evgeny Sokolov:"Это не проблема новых версий, это проблема расширений, которые свои настройки прописывают в стандартном конфиг файле. По уму, разработчики подобных расширений договорились бы с разработчиками n4f включить отделный инклуде файл, который бы парсил дополнительные файлы настроек таких дополнений/расширений и проблема бы ушла"Буду писать разработчику... /UPD