1. Выбираем диск, на который будем качать. Создаем там папку у меня - Download, полный путь /mnt/WD2T/Files/Download/
Папки можно создать многими способами, IMHO проще всего - через FTP. Если обеспечить полный доступ к этим папкам (777) - вам будет проще. Если создавали папку через FTP, как он описан в этом блоге - права на месте.
2. (рекомендуется)Создаем папку там, где будут лежать служебные файлы transmission. Этого можно не делать, но тогда при перезагрузке будут долго перехешироваться уже загруженные файлы. Папку лучше убрать куда-то подальше, например на созданный ранее датасет Sys. У меня, впрочем, эта папка лежит рядом с Dowload, на /mnt/WD2T/Files/start/sys/
UPD Не рекомендую создавать эту папку на флешке - я так делал и за полгода флешка сточилась.
3. (необязательно) Создаем горячую папку, куда будем кидать торрент файлы. У меня /mnt/WD2T/Files/start/
4. Подготовка закончена, идем в Services|BitTorrent
Устанавливаем параметры
Peer port - обычно работает и по умолчанию. Но есть исключения. Я обычно генерю utorrent на PC случайный порт, убеждаюсь, что с ним работает - и ставлю его. Честно признаюсь, у меня сейчас не тот порт, что на картинке.
Указываем в полях Download directory, Configuration directory и Watch directory созданные нами папки.
Distributed hash table - зависит от того,откуда качаете. Некоторые администраторы трекеров не любят DHT.
User mask - поставьте 0000, меньше проблем с правами будет.
save-restart, если не ругнулось - идем дальше
5. Управлять можно через встроенный веб интерфейс по адресу-порту, указанных как URL. Он с годами сильно продвинулся и тоже позволяет переименовывать раздачи. Но есть много других клиентов, даже для Android. Для windows - Transmisson-Remote-GUI.
6. Теперь можно качать. Бросаем торрент файл в горячую папку. Или, еще лучше, указываем виндам открыть торрент в transmission remote
7. Если все хорошо - пошла закачка

Если ни одного пира не обнаруживается - смотрим сетевую архитектуру, прежде всего роутер. Полезно сначала убедиться, что мю-торрент качает, поставить такой же порт.
Если закачка начинается, но сразу прерывается с ошибкой - скорее всего дело в правах.
Проще всего (подставьте свои имена папок)
chmod -R 777 /mnt/WD2T/Files/Download/
chmod -R 777 /mnt/WD2T/Files/start/sys/
chmod -R 777 /mnt/WD2T/Files/start/
разрешить все на всех монтированных дисках, как предлагалось выше. Квалифицированные юнуксоиды знают более правильный путь, но они этот текст, думаю, не читают.
или переставить права в файловом менеджере
Advanced|File Manager
логин-пароль как при входе в вебгуй


PS Крайне полезно в Система|Общие параметры Настройки DNS IPv4 DNS-серверы указать кроме собственного роутера и какой-нибудь внешний DNS. Я обычно указываю гугловский 8.8.8.8
Можно указать Яндексовский или своего провайдера
PPS C ошибкой kernel: pid 12422 (transmission-daemon), uid 999: exited on signal 10 я боролся в конце этого поста
UPD от 25 дек 2015 Камрад RU_Taurus предложил более симпатичное решение. Команды ниже. Можно положить как PostInit скрипт в System|Advanced|Command scripts
service transmission stop && pw usermod transmission -G wheel -d /mnt/WD2T/Files/start/sys && service transmission start
Везде вместо /mnt/WD2T/Files/start/sys напишите ту папку, которую вы указали для настроек в п 2.
Кроме того, эту папку надо отдать transmission (можно через Advanced|Execute command)
chown -R transmission /mnt/WD2T/Files/start/sys
/UPD
← Ctrl ← Alt
Ctrl → Alt →
← Ctrl ← Alt
Ctrl → Alt →